遥远的未来——
人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。
现年16岁的塞拉·威拉克是联合阵营的名门独生女，就读于克拉尼阿鲁星域的寄宿制リーズナー养成机关クラベラ空间机甲兵科学院，并且一心想成为リーズナー（Strain驾驶员）。成绩优秀的她的心中有个秘密，就是期望与最爱的哥哥再相会……
赛拉的哥哥拉尔夫・威拉克在赛拉11岁的时候接到了特殊命令到远在130光年之外的最前线出击。虽然途中乘坐的是联合最为先进的亚光速战舰，客观时间也要经过400年。但主观时间（搭乘员的感觉到的时间）由于受到“浦岛效应”的影响实际上只是经过了2年。因此，塞拉想要见到哥哥，就必须也前去同样的战场。
兄妹两自小就失去了双亲，因此赛拉对哥哥有着超越普通亲人的感情，兄妹再会被她视为自己活着的意义。有一天，由于受到敌人迪古的トゥモール部队的袭击、塞拉所在的星球受到了毁灭性的打击。而且在此次袭击中，将联合研究设置的胶囊中沉睡的迷之少女带走的迪古的将校居然是塞拉一直想要再见并一直爱慕着的最亲爱的哥哥拉鲁夫。
为了了解真相，赛拉乘坐strain随后追赶了过去，但受到了拉鲁夫的机体的攻击，作为strain的key的仿造品（驾驶员リーズナー的大脑复制品）被破坏了。リーズナー的能力完全消失了。塞拉因为哥哥的缘故，面临生不如死的境地，但是那只是塞拉悲惨命运前奏而已……